Para recoger los residuos que se generan en todo el complejo hospitalario, hay un almacén final exclusivo en cada centro productor de los mismos, donde son recogidos y luego transportados hasta diferentes plantas de tratamiento de la empresa concesionaria de la gestión.

En cuanto a la gestión de esta basura, la legislación vigente es de aplicación para el ámbito privado y el público. No obstante, según fuentes del SES, los datos mencionados se refieren al Servicio Extremeño de Salud en el Area de Badajoz, es decir al ámbito público, por lo que la cantidad de basura médico-sanitaria en total es superior a los 316.000 kilos anuales antes indicados.