La iglesia de San Agustín se ubica, posiblemente, sobre el espacio que ocupó en su día la mezquita mayor de Badajoz, según las investigaciones llevadas a cabo por el arqueólogo Fernando Valdés y los estudiantes de la Universidad de Berlín, basándose, entre otras cosas, en que está intramuros y su planta se orienta de forma diferente al resto de iglesias de la ciudad.
Aunque el trabajo no conlleva realizar excavaciones, los estudios realizados y la información obtenida ha llevado a este grupo de investigadores a determinar, aunque no lo pueden asegurar, que algunos de los muros de la iglesia pertenecieron a la mezquita y que la torre conserva parte del alminar árabe, desde donde se llamaba a los fieles a la oración. Para llegar a estas conclusiones, "me baso en su estructura arquitectónica, la forma en que están cubiertas las escaleras, el tipo de obra que tienen los muros", afirmó Valdés, ya que éstos están hechos de piedra y cal , una argamasa muy rica en sal que es muy típica de la época árabe.
Las investigaciones han dejado ver que la torre fue creada, como mínimo, en dos fases, a parte de la zona más alta, que se construyó a principios de siglo. Según Valdés, la torre tiene, con toda seguridad, una construcción anterior a la de la iglesia.
La investigación no tiene subvención institucional y está financiada por la universidad de Berlín y la empresa privada Alamut.
