Puesto que la cripta solo fue construida para salvar el desnivel del templo --entre la Cuesta de la Compañía y el Rincón de la Monja--, y no se utilizó para enterramientos ni para ninguna otra función, el reciente descubrimiento de un sarcófago en el recinto ha causado sorpresa. Según los datos facilitados ayer por el concejal de Turismo, Francisco Torres, se trata de la sepultura de Francisco de Vargas y Figueroa, señor de Mayoralguillo, un noble cacereño que profesó como jesuita, llegó a ser prior y cedió sus casas a la Iglesia para la construcción del templo de San Francisco Javier (Preciosa Sangre), ya que no tenía descendencia. La orden le dio sepultura en la cripta, y ahora el ayuntamiento mantendrá allí su tumba.
