El pasado reciente de la base de Santa Ana, abierta en 1965, pasa por tres fases, que coinciden con el mandato al frente del Ministerio de Defensa de Federico Trillo (2000-2004), José Bono (2004-2006) y Carme Chacón (2008-). Entre Bono y Carme Chacón estuvo José Antonio Alonso (2006-2008).

A Trillo le tocó la etapa en la que el cierre del Cimov se daba por hecho, en especial con Alfonso Pardo como jefe del Estado Mayor. El mensaje de cierre de la base cambió en enero de 2003, cuando Luis Alejandre sustituye a Alfonso Pardo, quien en dos ocasiones, marzo de 2001 y 2002, adelantó el fin de la base.

Bono anunció una alternativa para dar continuidad a la base. Lo hizo a las pocas semanas de acceder al ministerio. Su anuncio, a la base de Cáceres se iba a trasladar un regimiento de ingenieros, tuvo su confirmación en el año 2006, cuando se publicó el real decreto que regulaba el despliegue de las Fuerzas Armadas (a Cáceres vendría un regimiento de Burgos), un fin que se mantuvo durante el mandato de Alonso, aunque tampoco se hizo efectiva la previsión que se incluía en el real decreto.

En diciembre del 2008, una orden de Chacón eliminaba a Cáceres como destino de un regimiento de ingenieros y la ministra confirmó en agosto de 2009 que el regimiento se quedaba en Burgos, pero unos días antes de firmar la orden, Chacón, tras las gestiones de Vara y Heras, rubricó un protocolo para ampliar la base y dotarla de contenido. El protocolo ha empezado a desarrollarse. De su materialización hasta el último punto (ampliación de la base) depende el futuro de la presencia militar en la ciudad.