La conversión del Badajoz en Sociedad Anónima Deportiva fue el principio del fin. Bajo la presidencia de Félix Castillo se constituyó el Badajoz SAD con un capital social de 113 millones de pesetas. Ante las dificultades económicas, en la temporada 97-98, Bahía compró el 60 por ciento de las acciones. Al año siguiente las vendió a Esfinge XX, de Tinelli. Las cosas aún fueron peor. En octubre del 2001, el portugués Antonio Barradas compró el club, que descendió a Segunda B. Estuvo a punto de descender a Tercera por 24 denuncias de 600.000 euros, pero se salvó gracias a la presión ejercida por Julio del Camino, Luis Refolio y Eloy Guerrero, que compraron la entidad el 8 de agosto del 2003. 580 días después, los dos primeros se marcharon dejando solo a Guerrero hasta el descenso y la posible desaparición.
