El español Daniel Pedrosa (Honda RC 212 V) le quitó el mejor tiempo al italiano Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1) en el último momento de la única tanda de entrenamiento oficial para el Gran Premio de Malasia de MotoGP que se realizó en el circuito de Sepang. Rossi llegó hasta el último segundo con el mejor tiempo final de los entrenamientos, pero todavía se encontraba en pista el español Pedrosa, quien mejoró todos los parciales de su rival y cuando prácticamente nadie tenía opción de doblegar al campeón italiano, fue el español quien se hizo con el mejor tiempo con algo más de cuatro décimas de segundo de ventaja sobre Rossi. Jorge Lorenzo (Yamaha YZR M 1) fue el tercero en discordia pues si bien por algunos momentos llegó a ocupar la mejor posición de la formación de salida al final se tuvo que conformar con el tercero pero, como los anteriores, con un puesto garantizado en la primera línea de la formación de salida.

Los entrenamientos comenzaron con la pista todavía algo húmeda por la lluvia caída durante la mañana, pero según fue pasando el tiempo, la pista comenzó a secarse y se acabó formando un carril por la trayectoria de las motos que permitió a éstas rodar prácticamente al límite. Hubo no pocas anécdotas ante una jornada tan variopinta, la primera de ellas protagonizada por el australiano Anthony West (Kawasaki ZX RR), pues en su equipo se acordaron de lo sucedido hace dos años y decidieron salir con neumático de calificación para obtener un buen registro por si se tenía que anular el entrenamiento oficial como consecuencia de la lluvia.

Su primer objetivo, hacer el mejor tiempo en los libres, lo consiguieron plenamente, pero falló la segunda parte del plan, ya que la lluvia cesó y el entrenamiento oficial se pudo realizar sin mayores contratiempos. El japonés Shinya Nakano (Honda RC 212 V) fue el primero de los líderes de esta sesión de entrenamientos y tras él lo fueron el sanmarinense Alex de Angelis (Honda RC 212 V), el australiano Chris Vermeulen (Suzuki GSV RR) y hasta Valentino Rossi. Pero como suele suceder en la cilindrada, tras realizar el trabajo de puesta a punto de la moto durante buena parte del entrenamiento, los últimos diez o quince minutos se centran en buscar un buen puesto en la formación de salida y ahí es cuando se producen los cambios más radicales en la clasificación.

A esos diez últimos minutos entró como líder Daniel Pedrosa, pero no tardó demasiado en quitárselo Jorge Lorenzo, con West y su compatriota y campeón mundial Casey Stoner (Ducati Desmosedici) muy cerca, pero a todos ellos los superó el británico James Toseland (Yamaha YZR M 1). Quedaba todavía un tiempo importante de entrenamiento oficial y podía suceder de todo, ya que el mejor tiempo de Toseland duró poco frente a los ataques del italiano Andrea Dovizioso (Honda RC 212 V) y nuevamente de Nakano.

Con Nakano al frente de la clasificación llegaron los últimos tres minutos, en los que prácticamente todos los pilotos salieron de sus talleres con un nuevo neumático trasero de calificación en busca de un buen registro, salvo el campeón mundial de 2007, Casey Stoner, quien entró demasiado tarde y aunque regresó a la pista lo hizo sin tiempo material para lanzar una vuelta rápida, lo que le acabó relegando al séptimo lugar. Nakano no duró mucho al frente de la tabla, pues todos los "buenos" venía por detrás y así se pudo ver como se hacía con el mejor tiempo Jorge Lorenzo, al que superó primero Valentino Rossi y luego, en una última vuelta con el tiempo cumplido, el propio Daniel Pedrosa, que de esa forma relegó a su compañero de escudería, el estadounidense Nicky Hayden (Honda RC 212 V) a la cuarta plaza.

Toni Elías (Ducati Desmosedici) comenzó muy bien los entrenamientos oficiales, en los que tuvo el segundo mejor tiempo, pero en el tramo final acabó ocupando la última posición de la categoría muy lejos de los pilotos de cabeza y sin lograr de su Ducati el rendimiento apropiado, algo bastante extraño tras los excelentes resultados de anteriores grandes premios.