El Tribunal de Cuentas recomienda a la Agencia Tributaria que incremente el control sobre los beneficios fiscales de los principales impuestos, especialmente el relativo a la deducción por inversión en vivienda habitual en el Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas (IRPF). En un informe referido al 2004, el tribunal señala que esta deducción presenta "ciertas deficiencias", si bien admite que "algunas han sido subsanadas en campañas desarrolladas con posterioridad al ejercicio fiscalizado".

Un ejemplo de error ya corregido es la inexistencia de filtros para comprobar el cumplimiento de la limitación del número máximo de ejercicios durante los que se puede aplicar la deducción. Además, indica que algunos filtros relativos a este impuesto solo se activan cuando la diferencia es a favor del fisco.

También recomienda la elaboración anual de un documento sobre la ejecución del Presupuesto de Beneficios Fiscales, en el que se determinen las desviaciones de los importes estimados con respecto al coste real de los incentivos fiscales y se analicen sus causas.