En 2006, cuando era presidente de Endesa, protagonizó un duro enfrentamiento empresarial con el Gobierno al negarse a aceptar la fusión de la eléctrica con Gas Natural, participada por La Caixa.
Después de aquella 'batalla' empresarial, en la que estuvo apoyado por el PP, abandonó Endesa en 2007 y, al año siguiente, fue presentado como "fichaje estrella" de Mariano Rajoy para las elecciones generales de marzo de 2008. Concretamente, fue el 'número dos' del PP por Madrid, detrás del propio Rajoy, y defendió a su partido en el debate electoral con el entonces vicepresidente económico, Pedro Solbes.
Tras las elecciones y la derrota del PP, el papel de Pizarro fue diluyéndose y no fue promovido a cargos de dirección en el partido. Finalmente se le situó como portavoz del Grupo Popular en la Comisión Constitucional de la Cámara Baja en julio de 2008 como consecuencia de los reajustes posteriores al congreso del partido. Tampoco ahí tuvo protagonismo público, pues no solía intervenir en las sesiones de control ni en las principales actividades de la comisión que preside Alfonso Guerra.
