La plaga del camalote o jacinto de agua se expande rápidamente por el río Guadiana debido al calor y obliga a retirar unas 100 toneladas al día, y la del nenúfar mexicano requiere segarlo constantemente con el objetivo, en ambos casos, de contener su presencia y limitar los efectos dañinos para el medio ambiente. Así lo ha señalado el jefe del Servicio Forestal de la Confederación Hidrográfica del Guadiana (CHG), Nicolás Cifuentes. Unas 30 personas trabajan con diversa maquinaria especializada para luchar contra esas especies invasoras con un coste aproximado de un millón de euros. Cifuentes ha explicado que el camalote prospera en "grandes manchas" gracias a las altas temperaturas, sobre todo entre Mérida y Medellín. Este año ya se han eliminado 1.000 toneladas y desde el inicio de la plaga en 2005 unas 230.000.

Aunque está controlado, se prevé que aumente el volumen de extracción de esta planta invasora contra la que también se lucha de forma preventiva en invierno, cuando por las bajas temperaturas permanece estable. "Cuando se descontrola cubre totalmente el río de orilla a orilla en cantidades espectaculares, como se ha visto en años anteriores en Mérida y otros sitios", indica Cifuentes, que recuerda que la descomposición de su materia orgánica produce efectos muy perjudiciales porque no deja que la luz pase a través del agua. Alerta además de que si logra introducirse en los canales de riego, los daños económicos para el sector agrario serían "bestiales", si bien esto no ha ocurrido nunca porque se han instalado barreras.

Con respecto al nenúfar mexicano, Cifuentes ha dicho que se centra entre el tramo urbano de Badajoz y la frontera portuguesa, y que, al contrario del camalote que flota y que se puede retirar, es preciso segarlo constantemente con una embarcación anfibia especial ya que "se agarra al lecho del cauce". Se corta a unos 40 centímetros de profundidad y dado que brota de nuevo a los cuatro o cinco días, hay que volver a segarlo hasta conseguir su agotamiento. El nenúfar mexicano es menos dañino medioambientalmente que el camalote, pero ocasiona molestias a la población, en concreto a deportistas como los piragüistas y a los pescadores. Otra especie invasora es el helecho de agua, que se ha reproducido "de una forma espectacular" en el Guadiana y que consiste en unas manchas marrones que se deben a la aparición en el agua de fósforo y otros nutrientes, aunque puntualiza que no es preocupante porque desaparece por sí solo.