La puesta en marcha de la refinería coincidiría con la segunda fase de reducción de emisiones de Gases de Efecto Invernadero (GEI) que abarca el periodo 2008-2012, y que se anuncia más restrictiva que la que entró en vigor en el 2005.

Según la memoria la planta emitiría alrededor de 1,4 millones de toneladas de CO2 al año. Ahora, la asignación de GEI a Extremadura en el trienio 2005-2007 es de 2,7 millones de toneladas en total.

Con todo los promotores del proyecto esperan que el Ministerio de Medio Ambiente recoja la autorización de emisiones de CO2 para la refinería en el plan nacional del segundo periodo, dentro de la reserva para nuevos entrantes.