Vertidos urbanos e industriales, presencia de nitratos, fosfatos y microorganismos, eutrofización de las aguas, alteraciones del cauce, destrucción de la vegetación de ribera o proliferación de especies invasoras --con el camalote y el cangrejo americano como estrellas --, son algunas de las perlas que recoge el informe de Greenpeace sobre el tramo extremeño del Guadiana, "el más contaminado de España", según Julio Barea, responsable de Aguas de la organización. Para colmo, las aguas ya bajan turbias de por sí, por la contaminación que arrastran del cauce alto.

En un informe, esta organización recoge una docena de agresiones al Guadiana en su discurrir por tierras de Badajoz. Ese discurrir es lo primero que cuestiona el estudio, puesto que la sucesión de embalses hace que el agua ya no corra, impidiendo la autodepuración del río.

Greenpeace acusa a la Junta y la Confederación Hidrográfica de adoptar una actitud pasiva, mientras "la contaminación del Guadiana es tan grave que de no tomar medidas urgentes podría convertir el río en una cloaca", según Barea. En el rosario de ataques figura que 91 municipios vierten las aguas sin depurar y otros diez tienen sistemas de depuración insuficientes. También que la entrada de nitratos y fosfatos en los embalses acelera el crecimiento descontrolado de plantas acuáticas que consumen el oxígeno y provocan la eutrofización, situación que se da con especial gravedad en los embalses de Alange y Nogales, cuyas aguas no son aptas para el consumo, según los ecologistas. Estos mismos embalses se convierten poco a poco en "pozos negros" por la acumulación de sedimentos y quedan inútiles.

Asimismo se hace referencia a que la presión de los regadíos está colmando de pesticidas y restos de fertilizantes los acuíferos de las Vegas Altas y Bajas, que ya presentan el doble de contaminación de la permitida. Para colmo, se está en trámite de aprobar un trasvase "de facto" entre las cuencas del Guadiana y el Guadalquivir para abastecimiento de las minas de níquel de Monesterio.