En toda España, las actuaciones del PEIT supondrían que casi 4.000 kilómetros de carreteras o trazados ferroviarios irrumpirían en áreas protegidas. Del total, 2.100 kilómetros irían por IBA, y 1.800 por ZEPA o LIC. En cuanto al número de espacios afectados, serían 327 ZEPA o LIC y 153 IBA.
Según SEO-Birdlife, muchas de las obras no están justificadas, porque proponen carreteras de alta capacidad en trazados convencionales donde no se llega a una intensidad de circulación de 5.000 vehículos por día. Como ejemplo, cita que se prevén infraestructuras entre Ciudad Real y Puertollano que supondrán unir las dos poblaciones por 14 carriles de carreteras --seis de autovía, otros tantos de autopista y los dos de la carretera actual-- así como por un tren de alta velocidad, cuando el flujo de tráfico no llega a los 5.000 diarios reseñados.
La organización también muestra su sorpresa porque el Gobierno actual, cuando su partido estaba en la oposición, criticase con dureza el plan de infraestructuras del Ejecutivo del PP cuyo plazo era 2000-2007, y ahora incorpore al PEIT todas las actuaciones de dicho plan.
Finalmente, se critica con dureza que el Ministerio de Fomento no haya ofrecido ninguna alternativa al plan.
