Sin realizar ataques directos a las gestión que durante los últimos años ha realizado Francisco Duque al frente del rectorado, Arsenio Muñoz introdujo en su discurso --y mantiene en su programa-- algunas críticas contra la gestión del aún equipo de Gobierno de la Universidad de Extremadura. Así, entre otras cosas, habló de la "falta de motivación e insatisfacción" existente en parte del colectivo universitario, refiriéndose en varias ocasiones al personal investigador y administrativo. También manifestó su compromiso para conseguir una universidad transparente y que rinda cuentas a la sociedad extremeña sobre el uso de los recursos que se ponen a su disposición.
