La Uex ha aplicado el Programa de Evaluación de la Actividad del Profesorado en dos ocasiones. La primera fue en el 2008 para designar los complementos autonómicos y participaron unos 900 profesores. La segunda obligó a 50 docentes a participar con el objeto de valorar el procedimiento. Sus resultados crisparon aún más los ánimos de los detractores de este sistema "inadecuado" para medir el mérito del personal: el 75% de los evaluados tenían nivel mínimo, el 10% aceptable, el 12% bueno y solo un 2% destacado.
Para la convocatoria del 2010, la Uex ha elaborado un documento de propuestas de modificación del programa de evaluación, que aprobó el Consejo de Gobierno el 25 de marzo.
