En el 2002 la Junta asumió las competencias sanitarias y se hizo cargo--según del Gobierno extremeño-- el pago de 34,27 millones de facturas por conceptos ejecutados el año anterior. A lo largo de ese año y del siguiente, la Administración regional buscó el acuerdo con la estatal, que sufragó parte de la ´deuda´.

Ante el fracaso de la negociación, en el 2004 la Junta reclamó el abono de 33,8 millones al Consejo de Ministros, que redujo a 9,1 millones el importe total exigible, a su criterio, al Estado. La Junta reclamó al Supremo, que rechazó su petición en julio, tras lo cual se dirigió a la Seguridad Social y al Instituto de Gestión Sanitaria, también con respuesta negativa. Ahora recurrirá por lo contencioso.