Jema Islamiya fue creada por el Bin Laden de Oriente, Iriduán bin Isamudin, alias Hambali, y es una filial de la red terrorista Al Qaeda en Asia. Su misión es unir Indonesia, Brunei, Malaisia, Singapur y el sur musulmán de Filipinas en un estado conjunto islámico. Su método de trabajo es perpetrar grandes atentados con el fin de desestabilizar a los gobiernos locales.
Jema Islamiya ha cometido, sólo en Indonesia, más de 50 ataques o intentos desde abril de 1999. Pero fue el atentado de Bali, en el 2002, el que le dio gran notoriedad internacional. El grupo es responsable también de los atentados cometidos en la Navidad del 2000 contra iglesias católicas, que causaron un total de 19 muertos, y del atentado contra el hotel Marriott en Yakarta en el 2003. Se han detenido a 200 de sus miembros, entre ellos su guía espiritual, Abu Bakar Bachir, aunque se estima que son unos 3.000.
