El movimiento indígena, cuyo protagonismo ha sido fundamental en las últimas revueltas, sigue manteniendo un bajo perfil en el escenario político surgido de la destitución de Lucio Gutiérrez. Algunos sostienen que eso obedece a que la Confederación de Nacionalidades Indígenas (Conaie), que agrupa a la mayoría de etnias del país, no ha podido reponerse del traspié que significó haber pasado por el Gobierno de Gutiérrez.

Lo apoyó en las elecciones del 2002, se integró en su primer Gabinete, pero a los siete meses pasó a la oposición. El movimiento salió debilitado. Santiago de la Cruz, vicepresidente de la Conaie, reconoció que Gutiérrez fue muy eficaz en su estrategia de dividirlos al designar a Antonio Vargas --dirigente indigenista nativo de la selva amazónica, como el expresidente-- como ministro de Bienestar Social.

Según el diario Hoy, la división en la Conaie corre peligro de acentuarse. Su sucesor, Alfredo Palacio, conocedor del peso que tiene la Conaie --casi el 50% de la población es indígena o mestiza--, ya ha tendido un puente hacia sus líderes.