El proyecto, elaborado por el arquitecto Adolfo Pérez, también contempla una especial protección de varios elementos del convento, como la sala capitular, sus dependencias próximas y, particularmente, la sacristía, donde se encuentra la puerta de los Perdones, de estilo románico, que comunica con la basílica. Esta se rescatará y se abrirá en su totalidad.
El edificio se organizará a partir de la sacristía, desde donde se podrá acceder a todas las dependencias. En la reconstrucción se emplearán los mismos materiales que se usaron entonces, como el mortero de cal y la madera de nogal oscuro.
