El actual equipo de gobierno del Ayuntamiento de Alcántara nació en las elecciones municipales del año 1999 donde los populares consiguieron 3 concejales con 375 votos, IU 1 con 114 votos y Extremadura Unida 1 con 235 votos. El PSOE fue la lista más votada al obtener 4 concejales con 557 votos, pero la unión de los tres grupos políticos citados anteriormente situó a los socialistas en la oposición y dió la alcaldía por cuatro años a Manuel Magro, del PP. Las elecciones del 2003 no cambiaron el equipo de gobierno ya que de nuevo PP, IU y EU se unieron para poder seguir gobernando a pesar de que por segunda vez el PSOE volvió a ser la lista más votada. Esta vez el tripartito pactó alternarse la alcaldía cada dos años. Pablo Herrero, de EU ha sido alcalde desde el 2003 hasta el 2005. Desde hoy le toca el turno al PP con Luis Mario Muñoz.
