La voluntad de hierro de Juan Pablo le ayudó a sobrellevar los achaques físicos. Si de pequeño padeció una mononucleosis de los ganglios y a los 24 años le atropelló un vehículo del Ejército alemán y estuvo en coma nueve horas, la salud empezó a quebrantársele seriamente a raíz del atentado de 1981. En 1992, fue operado de un tumor de colon. En 1993, fue intervenido del hombro y en 1994, de una fractura de fémur.
En octubre de 1996 cundió la alarma en el Vaticano. Los médicos temían que el tumor de colon extirpado se hubiera reproducido. Fue operado con éxito de una apendicitis y de unas adherencias intestinales. Encorvado y con el Parkinson cada vez más acusado, prosiguió viajando, aunque ya no pudiera agacharse a besar el suelo de sus anfitriones. El deterioro de su salud adoptó tintes dramáticos a mediados del 2003.
