La magistrado del Juzgado de Instrucción número 1 de Huelva, María José Fernández Maqueda, señala que Santiago del Valle, el presunto causante de la muerte de Mari Luz Cortés, "intentó abusar de la menor" pero ésta se resistió. En ese momento, el acusado la agarró por el tórax y procedió a golpearla, causándole lesiones que la dejaron inconsciente "pero sin llegar a causarle la muerte", que se produjo "por sumersión".

Según indica el auto de procesamiento del caso de la muerte de Mari Luz, entre las 16.30 y las 16.40 horas de la tarde del domingo 13 de enero, Mari Luz Cortés salió de su domicilio para comprar golosinas en un quiosco cercano y, al regresar, Del Valle estaba asomado a una ventana y "con la intención de abusar sexualmente de la menor llamó su atención tirándole un muñeco" que la niña recogió para devolvérselo. Entonces el imputado le propinó varios golpes que la dejaron inconsciente. A continuación, Del Valle entró en su vivienda y cogió un carrito de la compra, "introduciendo a la menor en su interior y tapándola con un chaquetón", y le pidió ayuda a su hermana Rosa para "trasladar a la menor en su vehículo y deshacerse de ella, petición que ésta aceptó".

Ambos se dirigieron a la zona de Marismas próxima al Estero del Rincón, donde Del Valle "introdujo a la menor en el agua dejándola parcialmente sumergida y en posición de decúbito prono". Del mismo modo, la autopsia confirma que la muerte de la menor fue debida a "una asfixia por sumersión", y que la fallecida "no fue objeto de agresión sexual capaz de dejar evidencias en el examen exhaustivo del cadáver". Además, el auto muestra que la Policía desacredita la versión de Santiago del Valle de que tiró a la pequeña por una alcantarilla, debido a "la imposibilidad de su apertura manual sin herramientas apropiadas", así como que las muestras recogidas en los bajos del vehículo de Rosa, que presuntamente transportó a Mari Luz hasta el lugar de su muerte, proceden de un tipo de material similar al que se encontraron en las botas y en la falda de la menor.

Ante estos datos, el auto imputa a Rosa y a Santiago del Valle por un delito de asesinato, a éste último también contra la libertad sexual, y a su mujer Isabel García por un delito de encubrimiento. El letrado de Santiago del Valle, Juan López Rueda apuntó el lunes que recurrirá el auto de procesamiento