Antes de que su nombre y lugar fueran conocidos por los españoles y marroquís que hasta entonces no tenían noticia del deshabitado enclave, la isla de Perejil ya era refugio de contrabandistas, que utilizaban una de sus cuevas, capaz de acoger a cerca de 200 personas, para guardar sus alijos. Pese a que España dice que pertenece a su territorio, la titularidad es dudosa: tras la ocupación marroquí del 2002, el Gobierno de Aznar se limitó a denunciar la "modificación del statu quo actual" y a reclamar "la situación anterior". En los siglos XV y XVI fue de titularidad portuguesa. Sus últimos pobladores fueron un cabo y cuatro soldados que formaban parte de un destacamento militar español, que se retiró en los 60, como parte de la descolonización de Marruecos.
