La Cuenca del Tajo está "extremadamente afectada" por la actividad minera, los acuíferos contaminados por nitratos, la sobreexplotación de acuíferos, los vertidos en los cauces, el consumo elevado del agua, las extracciones ilegales, la eutrofización de los embalses, el modelo agrícola y la destrucción de la vegetación de la ribera.

En el caso de la Cuenca del Guadiana, las mayores afecciones se deben a la contaminación por nitratos, la sobreexplotación de acuíferos, los vertidos en los cauces, la regulación de los cauces, el consumo elevado, las extracciones ilegales, la eutrofización de embalses y el modelo agrícola.

El resumen de los datos obtenidos en todas las cuencas españolas lleva a Greenpeace a asegurar en su informe que "los propios organismos oficiales reconocen" que sólo el 11% de las aguas superficiales tiene calidad para mantener su poder de autodepuración y los ecosistemas que dependen de ella, y sólo el 16% de las aguas subterráneas mantiene cualidades para ser usadas para abastecimiento y riego, siendo este porcentaje el que cumpliría en el 2015 los objetivos de la Directiva Marco del Agua.