Los elementos de combustible gastado que se sustituyen en cada parada y recarga se guardan en las piscinas de almacenamiento de las centrales. Actualmente existe un cementerio nuclear en El Cabril (Córdoba) para componentes de baja radiación y el Gobierno lleva 4 años buscando ubicación a un almacén central para todos los residuos. Las piscinas de Almaraz están a más del 65% de su ocupación, aunque no está previsto que se saturen hasta el 2021, cuando habrá alcanzado el fin de su vida útil.
