En el caso de las ayudas a países en vías de desarrollo, el Tribunal de Cuentas recuerda que la normativa extremeña prevé dos líneas de subvenciones, siempre para "organizaciones no gubernamentales" (ONG) así como diversos mecanismos de control para garantizar la ejecución de los proyectos subvencionados. Sin embargo, el informe del tribunal explica en su página 88 que "el necesario control sobre la realidad de las inversiones subvencionadas no está suficientemente garantizado" con la actual regulación. En este sentido, apunta el documento que actualmente --al menos en el año 2001 al que se refiere el estudio-- sólo es necesario que el beneficiario de la ayuda presente una certificación que "no constituye una garantía objetiva del buen fin de las subvenciones".

A esto se suma que el Tribunal de Cuentas ha detectado que algunas subvenciones "han sido concedidas a beneficiarios que no participan de la condición de ONG, requisito que exige el decreto 60/2001 para todas las líneas de actuación que contempla, salvo en el caso de ayudas a proyectos de emergencia". En concreto, han recibido estas partidas entidades como el Consejo de la Juventud o la escuela taller La Encomienda III de Los Santos de Maimona. En este último caso, además, el informe rechaza la alegación de la Junta, que reclamaba la posibilidad de darle a esa escuela un trato diferenciado debido a un acuerdo con el consistorio pacense.