En las ZEPA (Zonas de Especial Protección de Aves), se pueden llevar a cabo todas aquellas actividades siempre que no perjudiquen a las especies de aves para las cuales se ha protegido una zona. Se pueden realizar e incluso promueven actividades agrarias, ganaderas o forestales, pero habrá limitaciones si se modifica el hábitat. En algunos zonas con esta denominación incluso se puede cazar.

Donde son especialmente restrictivos son en la construcción de infraestructuras como carreteras, tendidos eléctricos, trenes... Por ello se realizan exhaustivos estudios de impacto ambiental. Del mismo modo, también queda prohibido construir en estas zonas núcleos residenciales, aunque sí se podrá al tratarse de casas rurales o aisladas.

Estas actividades de gran impacto deben ser reguladas y sometidas a evaluación ambiental para garantizar su compatibilidad con la conservación de la naturaleza, sin suponer la pérdida o expropiación de la titularidad de terrenos.

Son áreas prioritarias para recibir financiación comunitaria y desarrollar proyectos de conservación.