Una comisión de secretarios generales, organismo de nueva creación, decidirá sobre cuestiones de especial importancia o que afecten a varias consejerías. Este órgano será presidido por el consejero de Economía y Trabajo, Manuel Amigo, y tendrá como vicepresidentes a los de Presidencia y Hacienda, Casilda Gutiérrez y José Martín, respectivamente. Además, en la comisión estarán integrados los directores generales de Función Pública y Planificación Presupuestaria, el interventor general, el jefe del gabinete jurídico y el director del gabinete de Presidencia de la Junta, así como los secretarios generales de todas las consejerías y de la Presidencia.
