El documento previo elaborado por la Confederación Hidrográfica del Guadiana, donde se indica precisamente que no se ha podido delimitar aún cuáles serán las ´reservas fluviales´ plantea un panorama desolador donde priman multitud de afecciones que condicionan no sólo el cauce principal, sino la gran mayoría de los ríos y arroyos de la cuenca.
De un lado, las presas y las infraestructuras de defensa contra avenidas, entre ellas los encauzamientos, han modificado la estructura original e interfieren en la flora y la fauna al marcar cursos irregulares no coincidentes con los ciclos biológicos. Pero además, estas infraestructuras se hacen para favorecer asentamientos o cultivos, lo que acarrea vertidos de aguas residuales y arrastre de fertilizantes.
Otro problema generalizado es la aparición de especies invasoras en muchos puntos: camalote, helecho de agua, almeja asiática, cangrejo rojo..., han colonizado multitud de cauces. Por si fuera poco, en muchas zonas se dan extracciones de áridos muy agresivas.
