Badajoz, una ciudad puramente transfronteriza, alberga las oficinas del Secretariado Técnico Conjunto de este programa transfronterizo. Aunque depende del Ministerio de Economía, es el nexo que une y apoya a los distintos organismos de gestión.
La Autoridad de Gestión es la Dirección General de Fondos Comunitarios del Ministerio de Economía y Hacienda, mientras que la Autoridad de Certificación es el Instituto Financiero para o Desenvolvimento Regional del Ministerio do Ambiente, Ordenamento do territorio e Desenvolvimento Regional (Portugal). La Autoridad Auditora depende de Intervención General de la Administración del Estado (España) en coordinación con la Inspección General do Finanzas lusas.
Un Comité de Seguimiento asegura la eficacia y la calidad de la ejecución del programa, mientras que un Comité de Gestión es el responsable de la selección de los proyectos y del seguimiento de los mismos durante su ejecución.
Además hay Comités Territoriales y Coordinadores Regionales-Nacionales.
