Entre los temas que más polémica está generando destaca el debate sobre la financiación autonómica. Baste indicar que en la última remodelación de su Gobierno, Zapatero ha creado una vicepresidencia sobre Política Territorial, encomendada a Manuel Chaves, y que tiene como objetivo diseñar el nuevo modelo de financiación.

Desde el principio, Vara ha mantenido una clara postura que se resume en la defender la negociación multilateral, que "no tributan los territorios, sino las personas" y que se tengan en cuenta criterios como la dispersión geográfica. Así se lo trasladó a Chaves en su reciente visita a la región, en la que este aseguró que la extremeña estará entre las comunidades más beneficiadas por el nuevo modelo, pero sin concretar cifras, por lo que ha sido reprobado desde la oposición.

También el Gobierno regional se ha mostrado crítico con este proceso, sobre todo por la publicación de las balanzas fiscales, según las cuales la región es la que mayor superávit de fondos estatales registra. Para contrarrestarlas, se encargó un informe sobre esta cuestión a la Uex, según el cual el Estado adeuda a la región 1.600 millones de euros por el déficit sanitario y educativo. Además, Vara advirtió que la región (PP y PSOE pactaron en la Asamblea mantener una postura conjunta) estaba más cerca del no que del sí a la financiación, si bien tras reunirse con Chaves suavizó su postura.