La Consejería de Agricultura y Desarrollo Rural de la Junta de Extremadura afirma que la calidad de las aguas procedentes de regadíos y vertidas a los ríos de la cuenca del Guadiana "no es mala". Según explican, los controles realizados a través de la Red de Calidad de Aguas de Riego (Recarex) revelan que durante el 2006 ha aumentado la salinidad (el contenido de nitratos) de las aguas que procedetnes de los desagües de los regadíos, especialmente en Vegas Bajas y la zona del Zújar. "A pesar de ello podemos decir que su calidad no es mala". Asimismo, señalan que solo en "contados casos" los valores máximos de nitrato han superado los 50 miligramos por litro.
Respecto a las aguas subterráneas, señalan que "se constata que durante el 2006, en algunos pozos regables de Vegas Bajas, Zújar y Orellana, se superaba el nivel-guía superando en casos puntuales valores mayores de 50 mg/l de nitrato".
