La inclusión de Guadalupe en la diócesis de Toledo significa que el gobierno, autoridad y directrices pastorales de ese monasterio dependen exclusivamente de ella. Al igual que pueblos de Badajoz pertenecen a la diócesis de Plasencia --es el caso de Don Benito-- Guadalupe está en Toledo por una razón sencilla: las circunscripciones eclesiásticas no coinciden con las políticas, ya que la división provincial, tal como se conoce, es relativamente reciente, algo que no sucede en la Iglesia. La organización diocesana extremeña se divide en zonas o arziprestazgos. Estos se agrupan en tres zonas que están atendidas por un vicario. En 1994 se crea la Archidiócesis de Mérida-Badajoz, que engloba a las tres diócesis: Mérida-Badajoz, Coria-Cáceres y Plasencia.