El tribunal del caso de los ERE, presidido por Juan Antonio Calle Peña, condenó en 2019 al grueso de los 21 exaltos cargos por los delitos de prevaricación y malversación. Entre ellos estaban los dos expresidentes de la Junta de Andalucía, Manuel Chaves, con una condena de 9 años de inhabilitación por un delito de prevaricación, y José Antonio Griñán, con una condena de seis años de cárcel y otra de 15 años de inhabilitación por los delitos de malversación y prevaricación continuada.
En su argumentación, el tribunal consideraba que Chaves era "plenamente consciente" de la "ilegalidad" del sistema para pagar las ayudas y de su implantación, una decisión de "gran trascendencia" que no puede ser achacable únicamente al responsable de Empleo o al de Economía y Hacienda. Y todas las modificaciones presupuestarias que se derivaron de ese descontrol de gasto también pasaron por el Consejo de Gobierno, de ahí que se le considere autor de un delito de prevaricación.
En el caso de Griñán, la Audiencia rebatió su defensa de que desconocía el detalle de lo que ocurría. Consideraba que en calidad de consejero de Hacienda, conocía que las transferencias de financiación se iban a utilizar para pagar subvenciones, algo que aparecía mencionado en las propias memorias de los presupuestos. "Y siendo consejero de Economía y Hacienda, se siguió haciendo este uso inadecuado de las transferencias de financiación en las distintas modificaciones presupuestarias que se produjeron", incrementando la partida 31-L de la que salían los fondos para las ayudas. Así, Griñán era "plenamente consciente de la palmaria ilegalidad" de esas modificaciones, y asumió "la eventualidad de que los fondos vinculados al programa 31L fueran objeto de disposición con fines ajenos al fin público al que estaban destinados". También le reprochaba que fue "destinatario de los informes de control financiero permanente de las empresas públicas" y "tuvo conocimiento de las deficiencias detectadas en los mismos", sin que llegara a ponerles freno.
