La Sala de Conflictos de Jurisdicción del Tribunal Supremo, compuesta por el presidente y dos magistrados del orden jurisdiccional penal y otros dos del militar, será la que decida si es el Juzgado Togado Militar número 12 de Madrid el que se hace cargo del proceso contra los seis acusados del robo de armas en la base militar de Bótoa o, por el contrario, el caso compete al Juzgado de Instrucción número 1 de Badajoz.
El 26 de julio del 2012, el Fiscal Jurídico Militar presentó un escrito solicitando la inhibición a favor de la jurisdicción ordinaria y el 7 de septiembre se dictó un auto en el que así se acordaba, derivando las actuaciones al juzgado pacense, que no aceptó la inhibición planteada al considerar que era la jurisdicción militar la competente para el conocimiento y enjuiciamiento de los hechos.
La Fiscalía Provincial recurrió esta resolución para que la Audiencia Provincial revocara el auto del Juzgado de Instrucción número 1, recurso al que se adhirió la defensa de los acusados. Pero la Audiencia resolvió no entrar en el conocimiento y decisión del recurso, al considerar que la misma está atribuida a la Sala de Conflictos de Jurisdicción, que será la que determine ahora qué juzgado se ocupa del caso.
