La biblioteca del Seminario custodia actualmente 38.253 volúmenes y está suscrita a más de un centenar de revistas. De sus fondos bibliográficos destacan las denominadas ediciones notables o los que se clasifican bajo la condición de raros . Se trata de joyas en papel como la edición de la Biblia Regia de Arias Montano (también conocida como Políglota de Amberes ), del siglo XVI. La colección es de ocho volúmenes (faltan dos) y se restauró en 1999. "Ahora está en perfectas condiciones", explica la bibliotecaria, Guadalupe Ortiz.
Pero este no es el único tesoro de esta biblioteca que dirige Francisco Tejada Vizuete. El Fisiólogo de San Epifanio, de 1587, es otro de los volúmenes más valorados porque "es el único ejemplar que existe en España". Entre sus fondos también se encuentra el Catecismo , de Bartolomé Carranza, arzobispo de Toledo, del que hay apenas cuatro o cinco ejemplares en el mundo "y que fue una obra rescatada de la Inquisición". Los inquisidores también dejaron su huella en la edición italiana del Orlando Furioso de Ludovico Ariosto (1556), ya que tacharon parte de sus textos. Además, hay una edición de la Gramática latina de Nebrija de 1558.
Guadalupe Ortiz destaca que los ejemplares que desde su fundación en 1664 ha venido custodiando la biblioteca del Seminario "están en muy buen estado de conservación", a pesar de que no se ha contado con los medios de otras grandes bibliotecas. Las ediciones notables están separados del resto y protegidas con medidas de seguridad.
La biblioteca se divide en varias plantas. Cuenta con una sala de consultas que ahora, dado su carácter privado, utilizan principalmente los seminaristas y los sacerdotes de la diócesis, y en los otros pisos se reparten en estantes su fondo librario: fundamentalmente son libros de Teología, pero también muchos de Filosofía, Historia, Literatura, Ciencias. De esta última materia, los ejemplares que guarda tienen gran valor "porque la biblioteca los hereda cuando Carlos III expulsa a los Jesuitas de España. En Badajoz había un colegio y todo ese fondo viene al Seminario, además de otros muchos de un colegio de Higuera la Real".
