Entre los principales problemas que se han detectado en las nuevas oficinas judiciales ya en marcha figuran, cita el juez decano de Cáceres, los fallos técnicos que tiene la aplicación informática, en definitiva, que el sistema informático Minerva NOJ "sigue dando problemas, quizá porque no se había probado antes su aplicación suficientemente ".
También plantea problemas, según González Casso, el hecho de que la puesta en marcha de la nueva oficina judicial única conlleva que los expedientes judiciales, que ahora están solo en sus correspondientes juzgados, irán pasando por distintos servicios comunes --a partir de ahora habrá un servicio para registrar, otro para tramitar, otro para señalar...--. "Y como el programa informático no tiene ninguna función que indique dónde está el expediente en cada momento, sí podremos consultar en el sistema informático cuál ha sido la última resolución que se ha dictado en una determinada causa, pero no dónde está el expediente en cada momento".
Y otro de los problemas se deriva del hecho de que los puestos de trabajo de la nueva oficina no estén delimitados y que no existe ningún manual de procedimiento, "por lo que los funcionarios de los servicios comunes no saben todavía, en muchos casos, cuál es la tarea que a cada uno le corresponde".
