El retablo mayor (rococó y datado en 1750) es el elemento más destacado en el interior de la iglesia conventual de Santa Clara, ubicada extramuros, en las inmediaciones de la ya desaparecida Puerta de Mérida. Las obras se iniciaron en 1593 por Nufrio Martín y se terminaron en 1614. En su realización intervinieron, entre otros, Juan de Villoldo y Alvaro García.
La configuración del retablo mayor es de dos cuerpos y tres calles flanqueadas por columnas corintias estriadas con rocallas y espejos a los lados. En esta singular decoración destaca en un expositor una talla de marfil de Jesús Crucificado; a sus pies la Virgen, ambos dorados y policromados.
El primer cuerpo del retablo está constituido por tres hornacinas, la central mayor de tipo palladiano, y decorada en sus bordes por secciones rectangulares de espejos. En el interior podemos contemplar una hermosa talla policromada de Santa Clara. Y a su lado sendas tallas representando a San Francisco y San Antonio.
El segundo cuerpo, con tres hornacinas; la central rectangular, cobijando una Virgen de la Inmaculada. El retablo se remata con otra muy bien dispuesta y coronado con un frontón triangular y recargadas decoraciones barrocas que van siguiendo los bordes de este retablo de forma piramidal. En el lado del evangelio hallamos un retablo clasicista bien dorado y datable hacia 1600. Consta de una sola caja con dos pilastras estriadas y frontón recto. Es de destacar un Crucificado moderno.
En este mismo lado del Evangelio, contrastando con el estilo clasicista del anteriormente descrito, se puede contemplar ahora un retablo de estilo rococó, de traza parecida al que el retablo mayor, sin embargo el primero se dota de un dorado ligero y este colateral sin embargo es de un dorado intenso, bien dorado en la terminología retablística. Consta de un solo banco, un cuerpo y un remate, datable hacia 1750.
El visitante encontrará ahora en el lado del la Epístola un retablo de medianas proporciones. Es de estilo barroco y arquitectura sencilla, con dos columnas corintias clasicista y estriadas y coronado con un frontón triangular quebrado en sus ángulos. En los tres ángulos del frontón se culmina con tres tipos de pináculos, formados por un pedestal, una bola y un cono puntiagudo. Sobre el banco y junto a las columnas sendas espirales que se enroscan hacia dentro rematando los laterales. En el mencionado banco destacan dos pequeños lienzos de 1625, uno representando a San Pedro de Alcántara y otro de un santo obispo (posiblemente San Buenaventura).
