Las obras se ejecutarán en tres fases (2004-2007, 2007-2008 y 2008-2010), pero responsables de Sanidad aseguran que esto, que se justifica entre otros aspectos en que hay que dar rentabilidad a las mejoras realizadas en el San Pedro de Alcántara, "no supondrá inconveniente alguno, ya que al estar diseñado el nuevo hospital por módulos y en horizontal las obras de cada uno no afectarán a la labor asistencial en los que ya funcionen".
