Pocos lugares como Las Villuercas y Los Ibores conservan una vegetación tan diversa como en este conjunto de sierras y valles paralelos, que constituyen un inmenso refugio para el bosque mediterráneo, y para especies relictas que han permanecido aquí desde períodos en los que eran otras las condiciones climáticas imperantes. Hay una notable diferencia de altitud dentro de la Zepa, que alcanza sus cotas más bajas en sus extremos norte y sur (400 metros en Bohonal de Ibor y entre 500 y 600 en el eje Alía-Puerto Rey) y asciende bruscamente en las cadenas montañosas hasta los 1600 metros del Pico Villuercas. Esto favorece que las formaciones vegetales propias de piso mesomediterráneo, el más extendido en Extremadura, pero enriquecido en las cotas más altas por una flora típica de montaña, adaptada al frío e incluso a la nieve. En la mayor parte del territorio predominan los encinares, mientras que los alcornocales, muy frecuentes en la zona, ocupan los mejores suelos de las umbrías.
