"¿Por qué a violadores y terroristas los periódicos les tapan las caras y les ponen la iniciales y a gente honesta como yo nos sacan con nombre y apellidos?". Marcos Maynar acusa a los medios de "montar juicios paralelos". Su argumento más frecuente es que, en los ´de verdad´, nunca se le ha condenado y que ningún deportista a su cargo ha dado positivo. En el 2004 fue detenido dentro de la Operación Gamma II y se encontraron esteroides y anabolizantes en su casa. Alegó que los tenía para investigar y salió libre. En el 2008, el ´caso Bruno Neves´ volvió a ponerle en el centro de la polémica, pero los tribunales portugueses le encontraron inocente de la muerte del ciclista. En el mundillo de la fisiología es considerado un genio. Ha dirigido la carrera de José Manuel Moreno (oro en Barcelona-92) y Joane Somarriba, entre otros.