El Extremadura Unión Deportiva nació en el verano del 2007, cuando un grupo de amigos y jóvenes aficionados al fútbol decidieron, al saber del descenso a Regional Preferente del CF Extremadura, crear un nuevo equipo de fútbol en Almendralejo. El proyecto arrancó con el lema ´Despertar una ilusión´. Y lo consiguió, pues en su primera temporada en Primera Regional, cuando aún jugaba en el campo de césped artificial del polideportivo municipal --al año siguiente se trasladó al Francisco de la Hera--, conseguía llenar las gradas de aficionados.
En la segunda temporada de vida del club, la apuesta para la nueva categoría fue la de contar con un entrenador con experiencia y con carisma en la ciudad, Pepe Bizcocho. Pero las cosas no comenzaron bien, por lo que muy pronto Juan Marrero aterrizó en Almendralejo. El técnico valenciano logró colocar al equipo en la cabeza del grupo II de Regional Preferente y el 2 de mayo del 2009 y tras vencer el Olivenza en Racing Valverdeño, el equipo azulgrana logró el ascenso a Tercera. Dos de dos.
La temporada pasada, consiguió estar desde el inicio entre los cuatro primeros del grupo, terminando la liga en el tercer puesto, lo que le daba derecho a disputar la fase de ascenso. Marrero y los suyos superaron al Novelda en la primera eliminatoria, al Mairena en la segunda y al Mancha Real en el última, consiguiendo ascender a Segunda B.
