El fiscal general del Estado, Cándido Conde-Pumpido, ha ordenado a los fiscales que solapen las investigaciones que dirigen los jueces de instrucción al permitirles que pidan a la policía judicial diligencias sobre "aspectos puntuales". Hasta ahora, el ministerio público se plegaba al criterio del juez y le instaba la práctica de diligencias, que eran acordadas o no por los magistrados. Además, en la celebración del juicio, los fiscales solo deberán solicitar la declaración de aquellos agentes cuya participación pueda ser relevante para afianzar la acusación fiscal. Fuentes de la Audiencia Nacional han interpretado esta instrucción como un declaración de guerra. "Se salta los principios del derecho de defensa y de contradicción a la torera", enfatizan. Por ello, es probable que los jueces rechacen esta instrucción y lo hagan públicamente o declaren nulas las pruebas que obtengan por su cuenta los fiscales.

El precedente más inmediato de esta instrucción se produjo cuando el fiscal del Supremo investigó la trama de EHAK y ANV, a pesar de que Baltasar Garzón dirigía la investigación judicial.