Eduardo Fungairiño llegó a la Audiencia Nacional en 1981. Siete años más tarde, fue nombrado teniente fiscal, aunque siempre ejerció como el jefe de esa fiscalía.
Su apabullante memoria, su capacidad de trabajo, así como el apoyo incondicional de sus subordinados le convirtieron en una institución que hacía temblar a sus superiores.
En 1996, provocó el cese del entonces fiscal general del Estado Juan Ortiz Urculo después de conseguir el traslado de su jefe, José Aranda. En 1997, el exfiscal del Estado Jesús Cardenal le nombró fiscal jefe.
