El Gobierno de Cataluña, constituido por PSC, ERC e ICV tras los comicios de noviembre de 2003, ha vivido en sus 29 meses de existencia varios episodios de crisis, el primero de ellos con la salida de su "conseller en cap", Josep Lluis Carod Rovira, tras conocerse su entrevista en Francia con ETA en enero del 2003. Un mes después, los terroristas anunciaron la suspensión de atentados en Cataluña. Las declaraciones de Maragall en torno a un supuesto cobro de comisiones de gobiernos anteriores provocó otro terremoto en un pleno en el Parlamento sobre hundimiento en el Carmel, ocurrido el 27 de enero del 2005 y que obligó a desalojar unos 50 edificios y a unos 1.200 vecinos. CiU presentó querella por "injurias y calumnias" contra Maragall y se celebró una moción de censura presentada por el PPC retirada antes de su votación. Maragall pidió excusas a los ciudadanos por su afirmación y Mas anunció la retirada de la querella. La oposición de sus propios socios impidió a Maragall no pudo reformar su gabinete en octubre del 2005 y tuvo que sufrir tensiones generadas por la negociación del Estatuto. Por último, el pasado marzo trascendió trascendió el envío de cartas firmadas por Xavier Vendrell (secretario de organización ERC) a trabajadores de la Generalitat solicitando parte de su sueldo para el partido.
