Una de las novedades impulsadas por Fomento era la creación de comisiones a tres bandas --ayuntamiento, Junta y ministerio-- para estudiar la integración del AVE en las ciudades.
El 11 de abril del 2003 se constituía la de Badajoz y también llegó a ponerse en marcha la de Cáceres. Sin embargo, la comisión cacereña sólo se reunió una vez y tanto Badajoz como Cáceres han elaborado sus nuevos planes urbanísticos dando por hecho que el ministerio aceptará sus alegaciones y construirá nuevas estaciones en Caya (Badajoz) y en la carretera de Malpartida (Cáceres).
En Mérida esta comisión nunca ha llegado a ponerse en marcha y hace un año y medio el ayuntamiento se lo solicitó formalmente al Ministerio de Fomento. También en este caso hay discrepancias entre el proyecto original (la misma estación) y el del consistorio (estación en el Centro de Transportes).
