El Ministerio de Fomento ha propuesto un trazado alternativo para la autovía Zafra-Huelva, de manera que esta vía rápida no partiría de la ciudad segedana, sino desde Jerez de los Caballeros. Con todo, el ministerio, que pretende no duplicar inversiones en mismas infraestructuras, también mantiene en su estudio de trazados la idea original, es decir, que la autovía parta de Zafra y siga el recorrido de la carretera autonómica EX-101 hasta Fregenal, y de ahí se interne en la provincia de Huelva.

Según la memoria resumen del estudio informativo entregada por Fomento al Ministerio de Medio Ambiente, el trazado extremeño contempla dos corredores. El primero de ellos enlazaría en Jerez con la futura autovía autonómica Zafra-Jerez, para seguir el recorrido de la N-435 hasta Fregenal de la Sierra y desde ahí internarse en Huelva. El segundo es el originalmente propuesto. Es decir, se partiría de Zafra --o de un punto cercano en la futura autovía Zafra-Jerez--, para tomar el trazado de la autonómica EX-101 hasta Fregenal y desde ahí entrar en la provincia onubense.

El primero de los trazados ahorra a Fomento alrededor de 20 kilómetros, ya que en vez de tener que hacer los 42 kilómetros hasta Fregenal desde Zafra solo haría los 23 kilómetros que hay entre Jerez y Fregenal, aprovechando luego la autovía que proyecta construir la Junta.

De este modo, la autovía con Huelva a construir por el ministerio oscilaría entre los 175 kilómetros si responde a la idea original o 156 kilómetros si aprovecha la autonómica.

De hecho, en la memoria resumen se recoge: "(La autovía Zafra-Huelva) en su tramo inicial deberá aprovechar en lo máximo posible la red de infraestructuras que actualmente se desarrollan en el territorio o aquellas ya previstas, como es la autovía de conexión entre los núcleos urbanos de Zafra y Jerez de los Caballeros. Esto evitará la fragmentación del territorio y la afección a las formaciones vegetales que se desarrollan en el mismo".

En otro punto se solicita que se consideren las "soluciones propuestas" argumentando que no debe darse "duplicidad ni redundancia de infraestructuras en el mismo ámbito".

A lo que no se hace mención siquiera como alternativa en estudio es a la pretensión de algunos sectores de Huelva de que la autovía se desviase hacia el este a la altura de Santa Olalla para enlazar ahí con la Autovía de la Plata, evitando así el paso por la Sierra de Aracena. De hecho, se da como seguro que hay que atravesar este paraje natural y se recomiendan túneles y viaductos para minimizar el impacto.

En el apartado genérico del estudio se resalta la oportunidad de la construcción de esta autovía con Huelva indicando que materializa "un itinerario de conexión entre las autonomías extremeña y andaluza y el acceso a Huelva y de su puerto a la red de gran capacidad a través de Badajoz, sin el obligado paso por la A-49 y el área metropolitana de Sevilla". También se añade: "Dentro del marco internacional, a esta actuación de la puede asociar el carácter de desarrollo de la potencialidad del entorno del Estrecho de Gibraltar, como nodo de transporte internacional, de los flujos entre la UE y el Magreb".