Tras denunciar el PP en el año 2011 las supuestas irregularidades que se estaban cometiendo en Feval, en el Parlamento se creó, después de las elecciones, una comisión de investigación para intentar arrojar luz sobre el asunto y buscar responsabilidades políticas. Para responder a las preguntas de los diputados comparecieron, entre otros, el propio expresidente Guillermo Fernández Vara, que aunque negó tener relación directa con la institución, sí manifestó que tuvo conocimiento de que "una serie de hechos" se estaban produciendo a través de un anónimo que recibió en el verano de 2010 y que le llevó a encargar una auditoría sobre la gestión de los años 2008 y 2009. También comparecieron la exconsejera de Economía, Dolores Aguilar, varios trabajadores y el propio Viñuela.

El exdirector, junto a José Villa y Juan Cerrato, se negó a responder a las preguntas de los grupos parlamentarios pero descalificó las acusaciones dejando claro que respondían a "hechos totalmente falsos e imputaciones personales que nada tienen que ver con la realidad". Meses antes, en el juicio por el despido improcedente, declaró que la junta rectora era conocedora de su gestión ya que sus miembros, entre ellos Aguilar y los presidentes de las diputaciones, eran informados de todo. Dijo además, que él no tenía "autonomía plena".