La Junta firmó dos convenios con Adif (octubre del 2004) y Renfe (marzo del 2005) para la mejora de la red ferroviaria convencional interior así como la del servicio en Extremadura, respectivamente, que estarán vigentes hasta el fin del 2009.

En estos acuerdos, los organismos se comprometieron a invertir 176 millones de euros (de los que la región aportará 70) para mejorar las líneas ferroviarias extremeñas y adaptar mejor el servicio a los usuarios (renovación de trenes, adecuación de horarios, etcétera).

En el caso de la línea de Cáceres a Valencia de Alcántara, el acuerdo firmado entre la Junta y Adif prevé únicamente la supresión de los pasos a nivel, mientras que en los ejes Villanueva de la Serena-Mérida, Mérida-Zafra y Zafra-Fregenal también se incluye la renovación de la vía y sustitución de aparatos.

Estas reformas permiten circular por la vía a hasta 160 kilómetros por hora. En el caso de la línea Madrid-Valencia de Alcántara, esta velocidad solo puede alcanzarse hasta Cáceres, puesto que a partir de ahí la vía apenas ha sido renovada y en algunos tramos la velocidad está limitada a 30 kilómetros por hora. No obstante, la directora de Transportes, Justa Nuñez, indica que la Junta apoya su reforma, "pese a que no sea de su competencia", que ya se está llevando a cabo.