Más del 85% de la población de la región vive en la misma localidad en la que nació. Es lo que se conoce como Indice de Autoctonía, otro de los indicadores incluídos en el Atlas Socioeconómico de Extremadura. Por provincias este porcentaje es más elevado en Badajoz que en Cáceres, con un 84,7% y un 81%, respectivamente.

La localidad con menos población autóctona sigue siendo Talayuela, en la provincia de Cáceres, debido a su elevado porcentaje de inmigrantes. En concreto, solo el 22,2% de sus vecinos residentes nacieron en dicha localidad, una cifra algo más elevada que en el Atlas del 2011, cuando se situaba en el 20,5%. Le acompañan en los últimos puestos, Talavera la Real (39,3%), Moraleja (41,5%), Montijo (42,6%) y Navalmoral de la Mata (43,5%), entre otros.

En el lado opuesto de Talayuela está Campanario, la localidad mayor de 5.000 habitantes con mayor índice de autoctonía, el 84%. Le siguen Cabeza del Buey (78,1%), Castuera (71%), Guareña (69,6%) y Fregenal de la Sierra (68,6%). Las siete grandes ciudades se sitúan en la mitad de esta clasificación, siendo Badajoz, Don Benito y Cáceres, las ciudades con mayores resultados. En Badajoz el 65% de sus habitantes han nacido en la capital, en Don Benito el 63% de sus vecinos residentes son autóctonos y en Cáceres, el 60,3%. En esta clasificación por grandes ciudades, Almendralejo registra la menor tasa, con solo un 49% de su población nativa, seguida de Plasencia, con un 57%.