En el 2005, funcionarios venezolanos, aparentemente contratados por el Gobierno colombiano, capturaron en Caracas y entregaron a Colombia a Rodrigo Granda, conocido como el canciller de las FARC. Chávez denunció una "violación de la soberanía venezolana", llamó al embajador en Bogotá y ordenó el cierre de las fronteras. Dos años más tarde, Colombia dio por cancelada la mediación de Chávez para lograr la liberación de rehenes de las FARC. En el 2008, Colombia atacó un campamento de las FARC en Ecuador y dio muerte al comandante Raúl Reyes. Chávez se solidarizó con Ecuador.